RFC 3823 - MIME Media Type for the Systems Biology Markup Language (SBML) 日本語訳

URL : https://tools.ietf.org/html/rfc3823
タイトル : RFC 3823 - システム生物学マークアップ言語（SBML）のためのMIMEメディアタイプ
翻訳編集 : 自動生成

Network Working Group                                          B. Kovitz
Request for Comments: 3823                                       Caltech
Category: Informational                                        June 2004

     MIME Media Type for the Systems Biology Markup Language (SBML)

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著作権表示

著作権（C）インターネット協会（2004）。

Abstract

抽象

This document registers the MIME sub-type application/sbml+xml, a media type for SBML, the Systems Biology Markup Language. SBML is defined by The SBML Team at the California Institute of Technology and interested members of the systems biology community.

この文書は、MIMEサブタイプapplication / SBML + XML、SBMLのメディアタイプ、システムバイオロジーマークアップ言語を登録します。 SBMLはSBMLカリフォルニア工科大学のチームとシステム生物学のコミュニティの興味メンバーによって定義されます。

1. Introduction

1. はじめに

SBML is an XML format for representing and exchanging models of biochemical reaction networks used in systems biology. SBML:

SBMLは、システム生物学で使用される生化学反応ネットワークのモデルを表現し、交換するためのXMLフォーマットです。 SBML：

o enables researchers in systems biology to use multiple tools, such as simulators, editors, differential-equation solvers, and visualizers, on a single model without rewriting the model for each tool;

oは各ツールのモデルを書き換えることなく、そのような単一のモデルにシミュレータ、編集、微分方程式ソルバー、およびビジュアライザ、などの複数のツールを使用するシステム生物学の研究を可能にします。

o enables researchers and publishers to make models available on-line to other researchers even if they use a different software environment;

oは、彼らが別のソフトウェア環境を使用している場合でも、オンラインで他の研究者へのモデルを利用できるようにする研究者や出版社を可能にします。

o enables models, and the intellectual effort put into them, to survive beyond the lifetime of the software tools used to create them.

oはモデルを可能にし、知的な努力は、それらを作成するために使用されるソフトウェアツールの存続期間を超えて存続するために、それらに入れました。

Currently, about 60 software applications use SBML, and researchers are using these applications to develop quantitative and qualitative computational models, mostly in cell biology. In addition, several consortia and alliances have standardized SBML as their model definition language. The SBML community hopes that a standardized MIME media type will help researchers share models on a larger scale, drawing more heavily on the capabilities of the world-wide web.

現在、約60のソフトウェアアプリケーションは、SBMLを使用して、研究者は、主に細胞生物学では、定量的および定性的な計算モデルを開発するために、これらのアプリケーションを使用しています。また、いくつかのコンソーシアムとの提携は、彼らのモデル定義言語として標準化されたSBMLを持っています。 SBMLコミュニティは、標準化されたMIMEメディアタイプは、ワールドワイドウェブの能力により重く描く、大規模に研究者の共有モデルを助けることを期待しています。

A detailed exposition of SBML and its uses within the systems biology community is available in references [HUCKA2003], [FINNEY2003], and [HUCKA2004].

システム生物学コミュニティ内SBMLおよびその使用の詳細な博覧会は、[FINNEY2003]、[HUCKA2003]参考文献で提供され、そして[HUCKA2004]。

2. IANA Registration

2. IANA登録

This section registers application/sbml+xml as a MIME media type according to the parameters set forth in [RFC2048].

このセクションでは、[RFC2048]に記載されたパラメータに従ってMIMEメディアタイプとしてアプリケーション/ SBML + XMLを登録します。

MIME media type name: application

MIMEメディアタイプ名：application

MIME subtype name: sbml+xml

MIMEサブタイプ名：SBML + xmlの

Required parameters: none.

必須パラメータ：なし。

Optional parameters: none.

オプションのパラメータ：なし。

There is no charset parameter. Character handling has identical semantics to the case where the charset parameter of the "application/xml" media type is omitted, as described in section 3.2 of [RFC3023]. Note that SBML level 2 is defined to have UTF-8 encoding [SBML2-1, section 4.1].

charsetパラメータはありません。文字処理は[RFC3023]のセクション3.2に記載されているように、「アプリケーション/ XML」メディアタイプのcharsetパラメータは、省略されている場合と同じ意味を有します。 SBMLレベル2は、UTF-8エンコーディング[SBML2-1、セクション4.1]を有するように定義されていることに留意されたいです。

Encoding considerations:

エンコードの考慮事項：

Same as described in section 3.2 of [RFC3023].

[RFC3023]のセクション3.2に記載したのと同じ。

Security considerations:

セキュリティの考慮事項：

The security considerations described in section 7 of [RFC3470] all potentially apply to sbml+xml documents. In particular, sbml+xml documents might contain the results of proprietary biological research that their owner may wish to keep private.

[RFC3470]のセクション7で説明されているセキュリティの考慮事項は、すべての潜在的SBML + XML文書に適用されます。特に、SBML + xmlの文書は、その所有者がプライベートにしておきたいことがあり、独自の生物学的研究の成果が含まれているかもしれません。

The XML schema for sbml+xml provides for no active or executable content.

SBML + XMLのXMLスキーマは、アクティブまたは実行可能なコンテンツを提供します。

Interoperability considerations:

相互運用性の考慮事項：

The information in an sbml+xml document describes an abstract model of biochemical reactions. It is not tied to any particular software application, and indeed the primary purpose of SBML is to make these models readable and writable by many different software applications.

SBML + XML文書に記載されている情報は、生化学反応の抽象モデルを説明しています。これは、任意の特定のソフトウェアアプリケーションに関連付けられ、実際SBMLの主な目的は、多くの異なるソフトウェアアプリケーションによってこれらのモデルは、読み取りおよび書き込み可能にすることですされていません。

This might seem to make sbml+xml more appropriate for the "Model" primary content type [RFC2077], but SBML models are not guaranteed to have the required three orthogonal dimensions. SBML models, rather, involve interacting entities that exist within compartments. However, ideally, browsers and other software that reads sbml+xml would give a human reader multiple choices of how to view the document: in a data-visualization tool, in a model editor, in a differential-equation analyzer, etc.

これは、「モデル」の主コンテンツタイプ[RFC2077]のためのSBML + xmlのがより適切にするために見えるかもしれませんが、SBMLモデルは必要な3つの直交次元を持つことが保証されていません。むしろ、SBMLモデルは、区画内に存在する相互作用エンティティを伴います。データ可視化ツールでは、モデルエディタでは、微分方程式の解析では、など：しかし、理想的には、SBML + XMLを読み込んでブラウザやその他のソフトウェアは、ドキュメントを表示する方法の人間の読者複数の選択肢を与えるだろう

The systems biology community has and will continue to release new levels and versions of the SBML schema and semantics. New versions attempt to be backward compatible with old versions, but sometimes small incompatibilities are introduced. Every sbml+xml document contains its level and version; programs that read sbml+xml should read this information to be sure they correctly interpret the remainder of the document.

システム生物学コミュニティはあり、新しいレベルとSBMLスキーマとセマンティクスのバージョンをリリースしていきます。新バージョンは、旧バージョンとの下位互換性を試みるが、時には小さな非互換性が導入されています。すべてのSBML + XML文書は、そのレベルとバージョンが含まれています。 SBML + XMLを読み取るプログラムは、正しく文書の残りの部分の解釈を確認するために、この情報をお読みください。

Published specification:

公開された仕様：

A list of all current SBML specifications and related documents is maintained at:

現在のすべてのSBMLの仕様および関連文書のリストがで維持されます。

http://sbml.org/documents

ｈっｔｐ：／／ｓｂｍｌ。おｒｇ／どくめんｔｓ

Current specifications are:

現在の仕様は以下のとおりです。

SBML level 2, version 1 http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.pdf

SBMLレベル2、バージョン1 http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.pdf

SBML level 1, version 2 http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.pdf

SBMLレベル1、バージョン2 http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.pdf

SBML level 1, version 1 http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v1.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v1.pdf

SBMLレベル1、バージョン1 http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v1.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v1.pdf

All specifications are authored by and available in hardcopy form from The SBML Team (see below for mailing information).

すべての仕様は（情報を郵送については下記を参照）が執筆し、SBMLチームからハードコピー形式で入手可能です。

Applications which use this media type:

このメディアタイプを使用するアプリケーション：

The following application and database projects read and/or write models in sbml+xml format. Currently, most do not encode or decode MIME-format messages. Hopefully the registration of sbml+xml will make it easier for these projects to connect through a broader infrastructure, such as the creation of repositories of models on the world-wide web.

以下のアプリケーションとデータベースのプロジェクトは、読みおよび/またはSBML + xml形式でモデルを記述します。現在、ほとんどはMIME形式のメッセージをエンコードしたりデコードしません。うまくいけば、SBML + XMLの登録は、それが簡単にこれらのプロジェクトは、ワールドワイドウェブ上のモデルのリポジトリの作成など、より広範なインフラストラクチャを介して接続できるようにするためだろう。

BALSA BASIS BioCharon biocyc2SBML BioGrid BioNetGen Bio Sketch Pad BioSpreadsheet BioUML BSTLab CADLIVE CellDesigner Cellerator Cellware COPASI Cytoscape DBsolve Dizzy E-CELL ecellJ ESS Gepasi Jarnac JDesigner JigCell JSIM JWS Karyote KEGG2SBML Kinsolver (planned) libSBML MathSBML MMT2 Modesto MOMA (planned) Monod NetBuilder PathArt PathScout PaVESy PathwayBuilder ProcessDB (planned) SBW SCIpath

バルサBASIS BioCharon biocyc2SBMLバイオグリッドBioNetGenバイオスケッチパッドBioSpreadsheet BioUML BSTLab CADLIVE CellDesigner Cellerator Cellware COPASI Cytoscape DBsolveディジーE-CELL ecellJ ESS GepasiジャルナックJDesigner JigCell JSIM JWS Karyote KEGG2SBML Kinsolver（予定）libSBML MathSBML MMT2モデストMOMA（予定）モノーNetBuilder PathArt PathScout PaVESy PathwayBuilder ProcessDB（予定）SBW SCIpath

SigPath SigTran Simpathica SimWiz StochSim STOCKS Trelis Virtual Cell VLX Suite WinSCAMP

SigPath SIGTRAN Simpathica SimWiz StochSimのSTOCKS Trelis仮想セルVLXスイートWinSCAMP

A list of SBML-enabled applications, along with URLs for more information about them, is maintained at http://sbml.org.

SBML対応アプリケーションのリストは、それらについての詳細な情報のURLとともに、http://sbml.orgに維持されます。

Additional information:

追加情報：

For further information, contact:

詳細については、お問い合わせください：

Michael Hucka mhucka@caltech.edu

マイケルHucka mhucka@caltech.edu

Andrew Finney afinney@cds.caltech.edu

アンドリュー・フィニーafinney@cds.caltech.edu

The SBML Team http://sbml.org sbml-team@caltech.edu Control and Dynamical Systems, MC 107-81 California Institute of Technology Pasadena, CA 91125 USA

SBMLチームhttp://sbml.org sbml-team@caltech.edu制御および動的システム、技術のMC 107から81カリフォルニア工科大学パサデナ、CA 91125 USA

Intended usage: LIMITED USE

意図している用法：限定使用

Author/Change Controller:

著者/変更コントローラ：

The SBML specification is a free, open, community effort organized and edited by The SBML Team. The SBML Team has change control over the specification.

SBML仕様は、SBMLチームによって組織され、編集の自由、オープン、コミュニティの努力です。 SBMLチームは、仕様に対する制御を変更しています。

The SBML Team and interested members of the systems biology community meet regularly at the "Workshops on Software Platforms for Systems Biology". Information about past and planned workshops is maintained at:

SBMLチームとシステム生物学のコミュニティの興味メンバーは、「システム生物学のためのソフトウェアプラットフォームでのワークショップ」で定期的に会います。過去と計画のワークショップに関する情報はで維持されます。

http://sbml.org/workshops

ｈっｔｐ：／／ｓｂｍｌ。おｒｇ／をｒｋしょｐｓ

3. Security Considerations

3.セキュリティの考慮事項

Security considerations for sbml+xml are discussed in the "Security Considerations" heading in the IANA registration in section 2.

SBML + xmlのためのセキュリティの考慮事項は、セクション2にIANA登録に見出し「セキュリティの考慮事項」で説明されています。

4. Contributors

4.協力者

The following people contributed to the content of this document: Michael Hucka (Caltech), Andrew Finney (University of Hertfordshire).

マイケルHucka（カリフォルニア工科大学）、アンドリュー・フィニー（ハートフォードシャー大学）：次の人は、この文書の内容に貢献しました。

5. References

5.参考文献

5.1. Normative References

5.1. 引用規格

[SBML2-1] Finney, A. and Hucka, M., "Systems Biology Markup Language (SBML) Level 2: Structures and Facilities for Model Definitions", June 28, 2003. Available from The SBML Team at: http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.pdf

[SBML2-1]フィニー、A.とHucka、M.、 "システム生物学マークアップ言語（SBML）レベル2：モデルの定義のための構造及び設備"、6月28日、でSBMLチームから利用可能な2003年：のhttp：// sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.pdf

[SBML1-2] Hucka, M., Finney, A., Sauro, H. and Bolouri, H., "Systems Biology Markup Language (SBML) Level 1: Structures and Facilities for Basic Model Definitions", August 28, 2003. Available from The SBML Team at: http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.pdf

[SBML1-2] Hucka、M.、フィニー、A.、Sauro、H.およびBolouri、H.、 "システム生物学マークアップ言語（SBML）レベル1：基本モデルの定義のための構造及び設備"、2003年8月28日。 http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.pdf：でSBMLチームから利用可能

5.2. Informative References

5.2. 参考文献

[FINNEY2003] Finney, A. and Hucka, M., "Systems Biology Markup Language: Level 2 and Beyond", Biochemical Society Transactions 31:1472-1473, December, 2003.

【FINNEY2003]フィニー、A.及びHucka、M.、 "システムバイオロジーマークアップ言語：レベル2を超えて"、生化学会取引31：1472から1473まで、2003年12月。

[HUCKA2003] Hucka, M., Finney, A., Sauro, H.M., Bolouri, H., Doyle, J.C., Kitano, H., Arkin, A.P., Bornstein, B.J., Bray, D., Cornish-Bowden, A., Cuellar, A.A., Dronov, S., Gilles, E.D., Ginkel, M., Gor, V., Goryanin, I.I., Hedley, W.J., Hodgman, T.C., Hofmeyr, J.-H., Hunter, P.J., Juty, N.S., Kasberger, J.L., Kremling, A., Kummer, U., Le Novere, N., Loew, L.M., Lucio, D., Mendes, P., Minch, E., Mjolsness, E.D., Nakayama, Y., Nelson, M.R., Nielsen, P.F., Sakurada, T., Schaff, J.C., Shapiro, B.E., Shimizu, T.S., Spence, H.D., Stelling, J., Takahashi, K., Tomita, M., Wagner, J., Wang, J., "The Systems Biology Markup Language (SBML): a Medium for Representation and Exchange of Biochemical Network Models", Bioinformatics 19(4):524-531, 2003.

【HUCKA2003] Hucka、M.、フィニー、A.、Sauro、HM、Bolouri、H.、ドイル、JC、北野、H.、アーキン、AP、Bornstein、BJ、ブレイ、D.、コーニッシュ、ボーデン、A. 、クエリャル、AA、Dronov、S.、ジル、ED、Ginkel、M.、ゴア、V.、Goryanin、II、ヘドレー、WJ、Hodgman、TC、Hofmeyr、J.-H.、ハンター、PJ、Juty、 NS、Kasberger、JL、Kremling、A.、クンマー、U.、ルNovere、N.、レーブ、LM、ルシオ、D.、メンデス、P.、Minchの、E.、Mjolsness、ED、中山、Y.、ネルソン、MR、ニールセン、PF、桜田、T.、シャフ、JC、シャピロ、BE、清水、TS、スペンス、HD、Stelling、J.、高橋、K.、富田、M.、ワグナー、J.、王、J.、「システム生物学マークアップ言語（SBML）：生化学ネットワークモデルの表現のための媒体と交換」、バイオインフォマティクス19（4）：524から531 2003。

[HUCKA2004] Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B. J., Keating, S. M., Shapiro, B. E., Matthews, M., Kovitz, B. L., Schilstra, M. J., Funahashi, A., Doyle, J. C., and Kitano, H., "Evolving a Lingua Franca and Associated Software Infrastructure for Computational Systems Biology: The Systems Biology Markup Language (SBML) Project", Systems Biology, Vol. 1, 2004.

【HUCKA2004] Hucka、M.、フィニー、A.、Bornstein、BJ、キーティング、SM、シャピロ、BE、マシューズ、M.、Kovitz、BL、Schilstra、MJ、舟橋、A.、ドイル、JC、及び北野H.、「計算システム生物学のためのリンガフランカと関連するソフトウェアインフラストラクチャの進化：システム生物学マークアップ言語（SBML）プロジェクト」、システム生物学を、巻。 1、2004。

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[RFC2048]解放され、N.、Klensin、J.とJ.ポステル、 "多目的インターネットメール拡張（MIME）第四部：登録手順"、BCP 13、RFC 2048、1996年11月。

[RFC2077] Nelson, S. and C. Parks, "The Model Primary Content Type for Multipurpose Internet Mail Extensions", RFC 2077, January 1997.

[RFC2077]ネルソン、S.とC.公園、「多目的インターネットメール拡張のためのモデルのプライマリコンテンツタイプ」、RFC 2077、1997年1月。

[RFC3023] Murata, M., St. Laurent, S. and D. Kohn, "XML Media Types", RFC 3023, January 2001.

[RFC3023]村田、M.、サンローラン、S.およびD.コーン、 "XMLのメディアタイプ"、RFC 3023、2001年1月。

[RFC3470] Hollenbeck, S., Rose, M. and L. Masinter, "Guidelines for the Use of Extensible Markup Language (XML) within IETF Protocols", BCP 70, RFC 3470, January 2003.

[RFC3470]ホレンベック、S.、ローズ、M.およびL. Masinter、 "IETFプロトコル内の拡張マークアップ言語（XML）の使用のためのガイドライン"、BCP 70、RFC 3470、2003年1月。

6. Author's Address

6.著者のアドレス

Ben Kovitz Control and Dynamical Systems, MC 107-81 California Institute of Technology Pasadena, CA 91125 USA

ベンKovitz制御および動的システム、技術のMC 107から81カリフォルニア工科大学パサデナ、CA 91125 USA

Phone: +1 626 395-6911 EMail: bkovitz@caltech.edu

電話：+1 626 395-6911 Eメール：bkovitz@caltech.edu

7. Full Copyright Statement

7.完全な著作権声明

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Acknowledgement

謝辞

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